Au début de l'épisode, Finn croit voir la figure de Jésus sur un sandwich qu'il vient de faire griller. Peu impliqué dans le domaine religieux, il décide de prier pour voir ce qui arrivera. Il lui demande de gagner le premier match de football de la saison, et en échange il s'engage à faire de la religion le thème du Glee Club pour cette semaine. L'équipe de McKinley gagne effectivement le match et Finn prend ça pour un miracle.
Kurt passe au garage de son père Burt pour lui annoncer qu'il ne pourra pas assister au traditionnel repas de famille de fin de semaine car il va voir une représentation de La Mélodie du Bonheur. Burt essaie de le faire changer d'avis car ces repas sont très importants pour leur relation père-fils déjà compliquée, mais Kurt ne cède pas.
Finn annonce en pleine répétition du Glee Club que Jésus Christ est entré dans sa vie et qu'il souhaite lui rendre hommage en chanson cette semaine. Kurt est contre, car les églises sont faites pour ça et n'acceptent pas les gays. Mercedes et Quinn, toutes deux très croyantes, sont pour. Will essaye de trouver un compromis en prenant pour thème la spiritualité. Puck chante "Only The Good Die Young", une chanson écrite par un artiste juif.
Alors qu'il est en train de travailler au garage, Burt s'écroule, victime d'une attaque. Emma et Will viennent chercher Kurt en cours et l'accompagnent à l'hopital. Kurt, effrayé, apprend que son père est encore en vie mais le médecin refuse de lui en dire plus sinon qu'il est actuellement dans le coma. Il accepte cependant que Kurt voie son père.
Finn fait sa deuxième prière à son croque-messie et lui demande que Rachel l'autorise à toucher ses seins. Sa prière est une nouvelle fois réalisée.
Lors de la répétition suivante du Glee Club, tous les membres se montrent solidaires de Kurt et Brittany lui donne un "rapport" sur la crise cardiaque (Elle pense qu'elle est causée par un trop-plein d'amour). Finn est furieux de ne pas avoir été mis au courant. Mercedes, qui ne trouve pas d'autre moyen d'exprimer ce qu'elle ressent, chante "I Look To You". Kurt la remercie mais annonce ouvertement qu'il ne croit pas en Dieu et qu'il n'a pas besoin de leurs prières.
Will est dénoncé par Sue et convoqué par le principal Figgins pour s'expliquer à propos du thème de son cours. Au nom de la laïcité, Sue demande à Will de renoncer à ce thème.
Santana et Brittany font leurs rapports à Sue sur ce qu'il se passe dans le club. Sue décide de convoquer Kurt et lui témoigne son soutien dans l'épreuve qu'il traverse et dans son désaccord avec Will. Elle encourage Kurt à aller porter plainte contre son professeur de chorale. Cette décision rend Emma furieuse, et elle se rend dans le bureau de Sue dans le but de s'expliquer avec elle. Sue lui parle alors de son héros, sa grande soeur Jean atteinte du syndrome de Down (Trisomie 21) qui a souffert de la cruauté des gens. Elle lui dit qu'elle a essayé de prier pour elle mais que rien n'a jamais changé et que par conséquent pousser Kurt à croire en un fantasme est immoral.
Will annonce à ses élèves qu'il ne veut plus de la spiritualité comme thème pour son cours. Finn fait sa troisième prière à Dieu dans les vestiaires de l'équipe de foot. Il prie pour redevenir quaterback mais est surpris par Puck. Cette troisième prière est réalisée elle aussi quand Sam se blesse lors d'un match.
Rachel et Finn se retrouvent de nuit dans un parc pour chanter en l'honneur de Burt. Rachel interprète "Papa, Can You Hear Me" ? La chanson finit à l'hôpital sous les yeux de Mercedes, Finn, Quinn et Carole. Kurt les observe de loin mais, à la fin de la chanson il intervient et leur demande de quitter la chambre de son père.
Lors de la répétition du Glee Club, Kurt chante "I Want To Hold Your Hand" en l'honneur de son père et en souvenir de son réconfort lors de l'enterrement de sa mère. Cette chanson est parsemée de flash-backs de Kurt plus jeune avec son père. Kurt est très ému à la fin de son interprétation. Mercedes propose à Kurt qu'il l'accompagne à la messe, et réussit à le convaincre en soulignant le fait qu'il pourra mettre un beau chapeau. Pour lui, elle chante "Bridge Over Troubled Water" avec le choeur de l'église.
Finn culpabilise à propos de la blessure de Sam et se confie à Emma. Elle lui explique que si ses prières se sont réalisées ce n'est pas grâce à une intervention divine à travers un sandwich mais aux circontances qui étaient favorables. Finn interprète alors "Losing My Religion".
Kurt est en train de parler à son père dans sa chambre d'hôpital quand celui-ci lui presse légèrement la main. L'épisode d'achève alors que le groupe chante "One of Us" dans l'auditorium. Finn mange la deuxième partie de son sandwich et Sue décide de ne pas dénoncer Will pour cette dernière chanson.
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